Fakultät für Biologie
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The interaction between circadian clocks and metabolism is of increasing interest, since clock dysfunction often correlates with metabolic pathologies. Many research articles have been published analysing the impact of factors such as circadian clock, light, feeding time and diet-type on energy homeostasis in various tissues/organs of organisms with most of the findings done in mammals. Little is known about the impact of circadian clock and the above-mentioned factors on circulating lipids, especially the transport form of lipids - diacylglycerol (DG) and membrane lipids such as phosphatidylethanolamine (PE) and phosphatidylcholine (PC) in the Drosophila hemolymph. The fruit fly Drosophila is a prime model organism in circadian, behaviour and metabolism research.
To study the role of circadian clock and behaviour in metabolism, we performed an extensive comparative hemolymph lipid (diacylglycerol: DG, phosphatidylethanolamine: PE, phosphatidylcholine: PC) analysis using ultra performance liquid chromatography coupled to time-of-flight mass spectrometry (UPLC-MS) between wild-type flies (WTCS) and clock disrupted mutants (per01). In addition, clock controlled food intake– feeding behaviour was investigated. Time-dependent variation of transport (DG) and membrane lipids (PE and PC) were not rhythmic in WTCS under constant darkness and in per01 under LD, suggesting an impact of light and clock genes on daily lipid oscillations. Day-time and night-time restriction of food led to comparable lipid profiles, suggesting that lipid oscillations are not exclusively entrained by feeding but rather are endogenously regulated. Ultradian oscillations in lipid levels in WTCS under LD were masked by digested fatty acids since lipid levels peaked more robustly at the beginning and end of light phase when flies were fed a lipid- and protein-free diet. These results suggest that metabolite (DG, PE and PC) oscillation is influenced by complex interactions between nutrient-type, photic conditions, circadian clock and feeding time.
In conclusion, the results of this thesis suggest that circadian clocks determine transport and membrane lipid oscillation in Drosophila hemolymph in complex interactions between nutrient-type, photic conditions and feeding behaviour.
Im Rahmen dieser Arbeit wurde zur Untersuchung der Rolle von PCGF6 und E2F6 in murinen embryonalen Stammzellen (mESCs) und zu Beginn der Differenzierung Knockout-Zelllinien beider Proteine und in Kombination durch das CRISPR/Cas9n Systems erstellt. Die Charakterisierung dieser Knockout-Zelllinien erfolgte durch Wachstumsanalysen in mESCs und differenzierenden murinen Stammzellen (EBs). Es konnte festgestellt werden, dass Zellen des Pcgf6 Knockout (KO) kleinere Ebs bildeten, die zudem nicht über einen längeren Zeitraum in Kultur gehalten werden konnten. Zur Klärung dieses spezifischen Phänotyps wurden weitere molekulare Analysen mittels Durchflusszytometrie durchgeführt. Zellen des Pcgf6 KO wiesen während der Differenzierung einen erhöhten Anteil an Zellen in der G1-Phase sowie eine erhöhte apoptotische Frequenz auf. Unterstützend zur Annahme eines Zellzyklusdefekts wurden RNASeq-Daten analysiert. Die Auswertung ergab, dass Zellen des Pcgf6 KO zeitlich unkontrolliert differenzierten. Die Auswertung differenziell exprimierter Gene ergab zudem, dass die Expression von E2f6, ein Regulator des Zellzyklus und weitere Untereinheit des nicht-kanonischen PRC1.6, in mESC und EB-Kulturen herunter reguliert war, während Zellzyklus-spezifische Targets der E2F6-abhängigen Genregulation an Tag 2 der Differenzierung hochreguliert waren. Diese Ergebnisse deuteten darauf hin, dass eine Deletion von Pcgf6 zu Beginn der Differenzierung Auswirkungen auf eine E2F6-abhängige Zellzyklusregulation haben muss. Auf Grund einer zu diesem Zeitpunkt aufgetretenen Mykoplasmenkontamination in der Zellkultur musste die Pcgf6 KO-Zelllinie neu erstellt werden. Zusätzlich wurden KO-Zelllinien von E2f6 in Wt und in Pcgf6 KO mESCs erstellt. Die anschließende Wiederholung der zellulären Charakterisierung des Phänotyps ergab, dass EB-Kulturen des Pcgf6 KO und des Doppelknockout von Pcgf6 und E2f6 (dKOPcgf6/E2f6) während der Differenzierung eine verringerte Zellzahl aufwiesen. Die molekularen Charakterisierungen des Phänotyps ergaben, dass der erhöhte Anteil an Zellen in der G1-Phase des Pcgf6 KO, welche vor der Mykoplasmenkontamination detektiert wurde, nicht reproduziert werden konnte. Es wurde jedoch eine erhöhte Frequenz an Zellen in der G2-Phase des dKOPcgf6/E2f6 in der mESC-und EB-Kultur ermittelt. Die Analyse der apoptotischen Frequenz in allen KO-Zelllinien zeigte einen Anstieg während der Differenzierung. Zur Unterstützung der bis dahin durchgeführte Analysen wurden RNASeq-Daten zweier Publikationen zu PCGF6 und E2F6 herangezogen (Qui et al., 2021; Dahlet et al, 2021). Gene Ontology Enrichtment Analysen dieser Daten ergaben, dass in beiden KO-Zelllinien in mESCs unabhängig voneinander Keimbahngene hochreguliert waren. Beide KO-Zelllinien zeigten aber auch eine Schnittmenge gemeinsam hochregulierter Keimbahngene. In Anlehnung an diese Veröffentlichungen, ergaben Genexpressionsanalysen einzelner Keimbahngene, dass ein Verlust von E2f6 zu einer De-Repression von Genen führt, die eine Bindestelle für E2F6 besitzen. Der Verlust von Pcgf6 hingegen hatte keine Auswirkung auf Expression dieser Targets. Diese Ergebnisse unterstützen die Vermutung, dass es unterschiedliche Subkomplexe gibt, die die Expression von Keimbahngenen in mESC- und EB-Kulturen regulieren.
Der WNT-Signalweg ist ein hochkonservierter Signalweg, dessen zentraler
intrazellulärer Regulationsschritt die Proteinstabilität des Proteins β-Catenin ist.
Deregulierende Mutationen in diesem sind frühe Ereignisse bei der Entstehung von
Darmtumoren. Ist der Abbau von β-Catenin gestört, so ist unabhängig von äußerer
Kontrolle der Signalweg konstitutiv aktiviert und liefert ein Wachstumssignal.
Untersuchungen haben aber gezeigt, dass beim Vorliegen solcher Mutationen immer
noch eine – unzureichende – Ubiquitinylierung und ein Abbau von β-Catenin stattfindet.
Ziel dieser Studie war Deubiquitinasen (DUBs) zu finden, die durch ihre
Aktivität den Abbau von β-Catenin verhindern. Mithilfe eines siRNA Screens in der
Vorarbeit konnten DUBs als Kandidaten für einen CRISPR Ansatz ausgewählt werden.
APC Wildtyp HEK293T Zellen und Darmkrebszellen wurden mit lentiviralen
CRISPR/Cas9 Vektoren infiziert, in welche sgRNAs gegen exonische Sequenzen von
DUBs geklont waren. Einzelne Zellklone von USP10 CRISPR Zellen wurden weiter
untersucht. In Western Blots und Immunofluoreszenz zeigte sich bei den USP10 CRISPR
Zellen eine verminderte Expression von USP10 und damit einhergehend β-Catenin.
Proteinstabilitätsversuche mit MG132 und Cycloheximid zeigten einen erhöhten Abbau
von β-Catenin in HEK293T USP10 CRISPR Zellen, vor allem nach Stimulierung des
WNT-Signalwegs durch LiCl. In Aktivierungsassays (Luciferase und TOP-GFP FACS)
des WNT-Signalwegs zeigte sich in HEK293T Zellen nach Behandlung mit LiCl eine
geringere Aktivierung in den USP10 CRISPR Zellen. In einem Wachstumsassay zeigten
HT29 USP10 CRISPR ein geringeres Wachstum als Kontrollzellen. Während in einer
histologischen Färbung von Mausgewebe eine erhöhte Expression von USP10
nachweisbar war, zeigten sich in einer TMA Färbung kein eindeutiger Unterschied
zwischen gesundem Gewebe und Tumorgewebe.
Die Studie identifiziert USP10 als eine mögliche DUB für β-Catenin und potenzielles
Ziel für eine Beeinflussung des mutierten WNT-Signalwegs in Darmkrebszellen.
Im Zellkern eukaryotischer Zellen werden Gene in mRNAs transkribiert, welche umfangreich prozessiert und aus dem Zellkern exportiert werden. Im Zytoplasma erfolgt die Translation der mRNAs in Proteine, ein Prozess, welcher viel Energie benötigt und daher mittels vielfältiger Mechanismen streng reguliert wird. Ein Beispiel hierfür stellt die Klasse der TOP-mRNAs dar, eine RNA-Spezies, welche hauptsächlich Transkripte von Genen umfasst, die selbst in die Translation involviert sind. Die prominentesten Vertreter dieser Klasse sind die Proteine der kleinen und großen ribosomalen Untereinheiten. TOP-mRNAs zeichnen sich durch ein gemeinsames Sequenz-Motiv am Anfang Ihrer 5’-UTR aus, welches aus einem Pyrimidinstrang besteht und unmittelbar nach dem Cap mit einem Cytosin beginnt. Dieses allen TOP-RNAs gemeinsame Motiv ermöglicht die zeitgleiche Translationskontrolle dieser RNA-Klasse. So kann die Translation der TOP-mRNAs unter Stressbedingungen wie z.B. Nährstoffmangel koordiniert inhibiert werden, wodurch Energie eingespart wird.
Bereits lange wird nach einem Regulator gesucht, der an dieses TOP-Motiv bindet und die koordinierte Regulation ermöglicht. Man kann sich hier einen Inhibitor oder auch einen Aktivator vorstellen. Verschiedene Proteine wurden bereits in Erwägung gezogen. In dieser Arbeit wurde das Protein TIAR mittels Massenspektrometrie als TOP-interagierender Faktor identifiziert und dessen Bindungseigenschaften mit dem TOP-Motiv durch Shift Assays untersucht. Hierbei konnten Minimalkonstrukte verschiedener Organismen sowie RNA-TOP – Sequenzen identifiziert werden, welche sich für Strukturanalysen eignen würden. Als weiterer TOP-interagierender Faktor wurde über verschiedene sequenzielle Reinigungsschritte das Protein 14-3-3ε identifiziert.
Weiterhin wurden die TOP-Motiv-bindenden Proteine LARP1 und LARP7 auf Ihre Bindungseigenschaften mit Ihren Zielsequenzen untersucht. Während gezeigt werden konnte, dass LARP1 einen inhibierenden Einfluss auf TOP-RNAs hat, wurde in weiteren Shift-Assays die Bindungseigenschaften von LARP7 mit 7SK untersucht, wobei ebenfalls ein minimales LARP7–Konstrukt sowie 7SK-Konstrukte für Strukturanalysen identifiziert werden konnten. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass verschiedene Substanzen wie tRNA und Arginin einen starken Einfluss auf die LARP7-7SK – Interaktion ausüben, welcher in weiteren Studien berücksichtigt werden sollte.
Wilms tumor (WT) is the most common renal tumor in childhood. Among others, MYCN copy number gain and MYCN P44L and MAX R60Q mutations have been identified in WT. The proto-oncogene MYCN encodes a transcription factor that requires dimerization with MAX to activate transcription of numerous target genes. MYCN gain has been associated with adverse prognosis. The MYCN P44L and MAX R60Q mutations, located in either the transactivating or basic helix-loop-helix domain, respectively, are predicted to be damaging by different pathogenicity prediction tools. These mutations have been reported in several other cancers and remain to be functionally characterized.
In order to further describe these events in WT, we screened both mutations in a large cohort of unselected WT patients, to check for an association of the mutation status with certain histological or clinical features. MYCN P44L and MAX R60Q revealed frequencies of 3 % and 0.9 % and also were significantly associated to higher risk of relapse and metastasis, respectively. Furthermore, to get a better understanding of the MAX mutational landscape in WT, over 100 WT cases were analyzed by Sanger sequencing to identify other eventual MAX alterations in its coding sequence. R60Q remained the only MAX CDS alteration described in WT to date.
To analyze the potential functional consequences of these mutations, we used a doxycycline-inducible system to overexpress each mutant in HEK293 cells. This biochemical characterization identified a reduced transcriptional activation potential for MAX R60Q, while the MYCN P44L mutation did not change activation potential or protein stability. The protein interactome of N-MYC-P44L was likewise not altered as shown by mass spectrometric analyses of purified N-MYC complexes. However, we could identify a number of novel N-MYC partner proteins, several of these known for their oncogenic potential. Their correlated expression in WT samples suggested a role in WT oncogenesis and they expand the range of potential biomarkers for WT stratification and targeting, especially for high-risk WT.
Clostridioides difficile is a bacterial species well known for its ability to cause C. difficile
infection (also known as CDI). The investigation of the role of this species in the human
gut has been so far dominated by a disease-centred perspective, focused on studying
C. difficile in relation to its associated disease.
In this context, the first aim of this thesis was to combine publicly available
metagenomic data to analyse the microbial composition of stool samples from patients
diagnosed with CDI, with a particular focus on identifying a CDI-specific microbial
signature.
However, similarly to many other bacterial species inhabiting the human gut, C.
difficile association with disease is not valid in absolute terms, as C. difficile can be
found also among healthy subjects. Further aims of this thesis were to 1) identify
potential C. difficile reservoirs by screening a wide range of habitats, hosts, body sites
and age groups, and characterize the biotic context associated with C. difficile
presence, and 2) investigate C. difficile within-species diversity and its toxigenic
potential across different age groups.
The first part of the thesis starts with the description of the concepts and
definitions used to identify bacterial species and within-species diversity, and then
proceeds to provide an overview of the bacterial species at the centre of my
investigation, C. difficile. The first Chapter includes a detailed description of the
discovery, biology and physiology of this clinically relevant species, followed by an
overview of the diagnostic protocols used in the clinical setting to diagnose CDI.
The second part of the thesis describes the methodology used to investigate
the questions mentioned above, while the third part presents the results of such
investigative effort. I first show that C. difficile could be found in only a fraction of the
CDI samples and that simultaneous colonization of multiple enteropathogenic species
able to cause CDI-like clinical manifestations is more common than previously
thought, raising concerns about CDI overdiagnosis. I then show that the CDIassociated
gut microbiome is characterized by a specific microbial signature,
distinguishable from the community composition associated with non-CDI diarrhea.
Beyond the nosocomial and CDI context, I show that while rarely found in adults, C.
difficile is a common member of the infant gut microbiome, where its presence is
associated with multiple indicators typical of a desirable healthy microbiome
development.
In addition, I describe C. difficile extensive carriage among asymptomatic
subjects, of all age groups and a potentially novel clade of C. difficile identified
exclusively among infants.
Finally, I discuss the limitations, challenges and future perspectives of my
investigation.