Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften
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Institute
- Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften (1939)
- Graduate School of Life Sciences (90)
- Institut für Humangenetik (46)
- Institut für Virologie und Immunbiologie (27)
- Julius-von-Sachs-Institut für Biowissenschaften (25)
- Medizinische Klinik und Poliklinik II (24)
- Rudolf-Virchow-Zentrum (22)
- Center for Computational and Theoretical Biology (19)
- Institut für Pharmakologie und Toxikologie (18)
- Lehrstuhl für Tissue Engineering und Regenerative Medizin (18)
Sonstige beteiligte Institutionen
- Institut für Tierökologie und Tropenbiologie (2)
- Ökologische Station Fabrikschleichach (2)
- Albert-Ludwigs-Universität Freiburg (1)
- Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG (1)
- Boston Children's Hospital (1)
- Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB), Universität Würzburg (1)
- Chemical Biology Laboratory, National Cancer Institue, Frederick (USA) (1)
- Core Unit Systemmedizin (1)
- DNA Analytics Core Facility, Biocenter, University of Wuerzburg, Wuerzburg, Germany (1)
- DNA Analytics Core Facility, Biocenter, University of Würzburg, Würzburg, Germany (1)
- Department of Animal Ecology and Tropical Biology, University of Würzburg, Würzburg, Germany (1)
- Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg (1)
- EMBL, Structural and Computational Biology Unit, Heidelberg, Germany (1)
- ESPCI Paris (1)
- European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germany (1)
- Fachgebiet für Populationsgenomik bei Nutztieren, Universität Hohenheim (1)
- Forschungsstation Fabrikschleichach (1)
- Fraunhofer IGB - Institutsteil Würzburg Translationszentrum Regenerative Therapien für Krebs- und Muskuloskelettale Erkrankungen (1)
- Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology (IGB) (1)
- Goethe-Universität Frankfurt (1)
- IZKF (Interdisziplinäres Zentrum für Klinische Forschung), Universität Würzburg (1)
- Interdisciplinary Center for Clinical Research (1)
- Interdisziplinäres Zentrum für Klinische Forschung (ZIKF), Würzburg (1)
- Klinische Mikrobiologie am Universitätsklinikum Erlangen (1)
- König-Ludwig-Haus, Orthopedic Clinic, Würzburg (1)
- Landesbetrieb Landwirtschaft Hessen, Bieneninstitut Kirchhain (1)
- Lehrstuhl für Chemie, Brooklyn College, City University of New York, Brooklyn (1)
- Lehrstuhl für Physiologische Chemie (1)
- Lehrstuhl für Tierökologie und Tropenbiologie, Universität Würzburg (1)
- Lehrstuhl für Translationale Onkologie (1)
- Leuphana Universität Lüneburg (1)
- Michigan State University (1)
- National Park "Bavarian Forest" (1)
- Research Center of Animal Cognition, Universite Paul Sabatier Toulouse III (1)
- Roche Diagnostics GmbH Penzberg (1)
- Siemens Corporate Technology, Erlangen (1)
- Technische Hochschule Nürnberg Georg Simon Ohm (1)
- Technische Hochschule Wildau (1)
- Technische Universität Darmstadt (1)
- Technische Universität Dresden (1)
- Technische Universität München (1)
- Universität Bayreuth (1)
- Universität Duisburg-Essen, Institut für Molekularbiologie, AG Becker-Flegler (1)
- Universität Göttingen (1)
- Universität Leipzig (1)
- Universitätsklinikum Düsseldorf, Institut für Toxikologie (1)
- Zentrale Abteilung für Mikroskopie, Universität Würzburg (1)
- Zentrum für Innere Medizin I, Städtisches Klinikum Brandenburg GmbH, Hochschulklinikum der MHB Theodor Fontane (1)
- eXcorLab GmbH (1)
- iDiv (1)
- Ökologische Station, Fabrikschleichach (1)
ResearcherID
- D-1221-2009 (1)
- J-8841-2015 (1)
- N-2030-2015 (1)
In most organisms, ribosomal RNA (rRNA) contributes to >85% of total RNA. Thus, to obtain useful information from RNA-sequencing (RNA-seq) analyses at reasonable sequencing depth, typically, mature polyadenylated transcripts are enriched or rRNA molecules are depleted. Targeted depletion of rRNA is particularly useful when studying transcripts lacking a poly(A) tail, such as some non-coding RNAs (ncRNAs), most bacterial RNAs and partially degraded or immature transcripts. While several commercially available kits allow effective rRNA depletion, their efficiency relies on a high degree of sequence homology between oligonucleotide probes and the target RNA. This restricts the use of such kits to a limited number of organisms with conserved rRNA sequences. In this study we describe the use of biotinylated oligos and streptavidin-coated paramagnetic beads for the efficient and specific depletion of trypanosomal rRNA. Our approach reduces the levels of the most abundant rRNA transcripts to less than 5% with minimal off-target effects. By adjusting the sequence of the oligonucleotide probes, our approach can be used to deplete rRNAs or other abundant transcripts independent of species. Thus, our protocol provides a useful alternative for rRNA removal where enrichment of polyadenylated transcripts is not an option and commercial kits for rRNA are not available.