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Structure Validation of G‐Rich RNAs in Noncoding Regions of the Human Genome
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- We present the rapid biophysical characterization of six previously reported putative G‐quadruplex‐forming RNAs from the 5′‐untranslated region (5′‐UTR) of silvestrol‐sensitive transcripts for investigation of their secondary structures. By NMR and CD spectroscopic analysis, we found that only a single sequence—[AGG]\(_{2}\)[CGG]\(_{2}\)C—folds into a single well‐defined G‐quadruplex structure. Sequences with longer poly‐G strands form unspecific aggregates, whereas CGG‐repeat‐containing sequences exhibit a temperature‐dependent equilibriumWe present the rapid biophysical characterization of six previously reported putative G‐quadruplex‐forming RNAs from the 5′‐untranslated region (5′‐UTR) of silvestrol‐sensitive transcripts for investigation of their secondary structures. By NMR and CD spectroscopic analysis, we found that only a single sequence—[AGG]\(_{2}\)[CGG]\(_{2}\)C—folds into a single well‐defined G‐quadruplex structure. Sequences with longer poly‐G strands form unspecific aggregates, whereas CGG‐repeat‐containing sequences exhibit a temperature‐dependent equilibrium between a hairpin and a G‐quadruplex structure. The applied experimental strategy is fast and provides robust readout for G‐quadruplex‐forming capacities of RNA oligomers.…
Autor(en): | Oliver Binas, Irene Bessi, Harald Schwalbe |
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URN: | urn:nbn:de:bvb:20-opus-214892 |
Dokumentart: | Artikel / Aufsatz in einer Zeitschrift |
Institute der Universität: | Fakultät für Chemie und Pharmazie / Institut für Organische Chemie |
Sprache der Veröffentlichung: | Englisch |
Titel des übergeordneten Werkes / der Zeitschrift (Englisch): | ChemBioChem |
Erscheinungsjahr: | 2020 |
Band / Jahrgang: | 21 |
Heft / Ausgabe: | 11 |
Erste Seite: | 1656 |
Letzte Seite: | 1663 |
Originalveröffentlichung / Quelle: | ChemBioChem 2020, 21(11):1656-1663. DOI: 10.1002/cbic.201900696 |
DOI: | https://doi.org/10.1002/cbic.201900696 |
Allgemeine fachliche Zuordnung (DDC-Klassifikation): | 5 Naturwissenschaften und Mathematik / 54 Chemie / 540 Chemie und zugeordnete Wissenschaften |
Freie Schlagwort(e): | G-quadruplexes; NMR spectroscopy; RNA; biophysical investigation; circular dichroism |
Datum der Freischaltung: | 16.04.2021 |
Lizenz (Deutsch): | CC BY: Creative-Commons-Lizenz: Namensnennung 4.0 International |